Проблема:
Несмотря на значительные успехи в лечении лейкозов у детей, есть ряд пациентов, которые по-прежнему имеют крайне неблагоприятный прогноз. Это врожденные лейкозы у детей и предлейкознные состояния, включая миелодиспластический синдром и различные синдромы костномозговой недостаточности. Пятилетняя выживаемость в этих группах пациентов в случае злокачественной трансформации обычно не превышает 50%.
Решение и ожидаемый результат:
Принципиальным отличием этих нозологий от других опухолей у детей является сочетание соматических (то есть возникших после рождения) и герминальных мутаций (то есть врожденных). Общепринятые методы цитогенетики и проточной цитометрии в такой ситуации не позволяют достоверно определить прогноз заболевания, но именно этим сочетанием определяется неблагоприятный ответ на терапию. Изучение сочетания и спектра соматических и герминальных мутаций позволит планировать терапию с учетом доступных таргетных, химиотерапевтических, трансплантационных и CAR-T воздействий, планировать их последовательность и интенсивность. Только изучение генетики с помощью секвенирования нового поколения (NGS) в опухолевых клетках и неопухолевых (соматических) клетках позволит улучшить прогноз для этой неблагоприятной группы пациентов.
Группа пациентов: 15 детей с миелодиспластическими синдромами, 15 детей с врожденными лейкозами, 15 детей с костномозговой недостаточностью
Длительность проекта: от четырех до пяти лет
Необходимый объем финансирования: 8 миллионов рублей.
Краткое описание затрат на проведение исследования: 1) раздельное полноэкзомное секвенирование опухоли и соматических клеток и клеток микроокружения костного мозга:
Миелодная панель: ABL1, ASXL1, ATRX,BET, BCOR, BCORL1, BRAF, CALR, CBL, CBLB, CBLC, CD34, CDKN2A, CEBPA, CSF3R, CUX1, DOT1L, DNMT3A, DNMT3B, ETV6/TEL, EVI1, EZH2,FAM30A, FBXW7, FLT3, GATA1, GARA2, GNAS, GPR56, HRAS, Il2Rа, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, JAK3, KDM6A, KIT, KRAS, MEC, MLL, MN1, MPL, MYD88, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PTEN, PTPN11, RAD21, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SMC1A, SMC3, SOCS2, SRSF2, SPINK2, STAG2, SURVIVVIN, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2, CREBBP, DDX41, KMD6A, MYC, MYD88, NF1, NTRK3, PRPF8, RB1, SH2B3, SMC1A, STAG2
Лимфоидная панель: ОЛЛ высокий риск: BCR-ABL1 fusion, IKZF1, MEF2D, младенческий - MLL/KMT2A, TP53, ОЛЛ промежуточный риск: ZNF384, PTEN, ОЛЛ низкий риск: ETV6-RUNX1 fusion (ранее TEL-AML1), Т-клеточный - NOTCH/FBXW7, ОЛЛ химиорезистентность: CREBBP, NT5C2, PRPS1, TPMT, NUDT15, CEP72, гены, предрасполагающие к Ph+: ARID5B, BMI1-PIP4K2A, GATA3, TP53, PAX5, ETV6, IKZF1
Панель костно-мозговой недостаточности: FANCA, FANCB, DKC1,TERC, TERT, SBDS, RPL15, RPS19 и другие.
80000/ исследование (суммарно 7,2 миллиона рублей); 2) Клеточная селекция, выделение ДНК – 6 тысяч рублей на исследование (суммарно 800 тысяч рублей).
Распределение финансирования в течение срока клинического исследования: около 50% суммы одномоментно для запуска всей панели исследований на секвенаторе NGS, остальные средства – по мере расходования материалов в течение всего срока исследования.